科学家比较了抑郁症患者与普通人的大脑，发现了一些不明显但是很重要的不同点，其中包括：灰质不正常、大脑萎缩、杏仁核更活跃。

大脑里的灰质指的是那些由细胞体和神经细胞组成的大脑部分。大脑里还有一部分是白质，这些相当于电脑里连接各计算单元和存储单元的管道，英文叫做tract。抑郁症患者的大脑中，负责自我认知和感情的这部分大脑区域灰质要比正常人厚一些。

很多人说阿斯患者和抑郁症患者以自我为中心，也许和这个有关。

大脑中有一种荷尔蒙叫Cortisol，这是压力荷尔蒙，那些抑郁症患者的大脑会释放大量的Cortisol，比正常人多。这会导致患者的一部分大脑缩小，比如海马体和前额叶皮层这两个部分，而这两个部分和记忆与做决定有关。

大脑里的杏仁核是负责调整感情的。抑郁症患者的杏仁核要活跃一些，尤其是当患者面对一种消极刺激的时候，比如面对一张苦瓜脸或者愁苦的脸。而当抑郁症患者和正常人面对一个快乐的人的时候，这种差别则不大。那种叫做cortisol的压力荷尔蒙可能是导致这种过度活跃的原因。

上面提到了大脑结构的变化，还有一些化学变化等，现在的研究人员目前还不清楚这些变化是原因，还是结果。另外，吸毒和使用各种药物上瘾的情况很多，不少抑郁症患者会去用药物或者喝酒来对付自己的抑郁，这使得医生找出根源变得更困难。不过在中国，至少对这些青少年抑郁症患者来说，不存在这种问题，诊断相对简单一些。